Penapisan Virtual Senyawa Dalam Tanaman Familia Annonaceae Sebagai Ligan Pada Reseptor Estrogen Alfa (ER-α)
DOI:
https://doi.org/10.24246/juses.v2i2p70-76Keywords:
Annonaceae, estrogen alfa, kanker, penapisan virtualAbstract
Annonaceae adalah familia dengan 800 spesies yang tersebar di seluruh dunia. Beberapa penelitian menunjukkan bahwa annonaceae memiliki aktivitas biologis sebagai antikanker dan telah digunakan sebagai obat herbal secara empiris. Pada penelitian ini dilakukan penapisan virtual beberapa struktur senyawa dari tanaman familia Annonaceae. Tujuan penelitian ini adalah untuk menganalisis dan memperoleh kandidat senyawa yang aktif sebagai ligan pada reseptor estrogen alfa yang dapat memicu timbulnya kanker payudara, selanjutnya akan dilakukan elusidasi moda ikatan senyawa representatif aktif dan inaktif untuk melihat interaksi asam-asam amino pada binding site senyawa tersebut. Penelitian ini menggunakan protokol tervalidasi hasil penelitian Anita dkk., 2012 dengan berbagai aplikasi komputasi seperti SPORES, PLANTS, BKchem, OpenBabel dan PyMol. Hasil penapisan virtual menunjukkan bahwa dari 39 kandidat senyawa ada 18 senyawa dari tanaman familia Annonaceae yang memiliki nilai ChemPLP lebih kecil daripada ligan pembanding, artinya ada 18 senyawa yang memiliki afinitas yang lebih baik terhadap reseptor sehingga dapat mencegah timbulnya kanker payudara.
Downloads
References
Allred, D. C., Brown, P., & Medina, D. (2004). The origins of estrogen receptor alpha-positive and estrogen receptor alpha-negative human breast cancer, 6(6), 240–245. https://doi.org/10.1186/bcr938
Anita, Y., Radifar, M., Kardono, L. B., Hanafi, M., & Istyastono, E. P. (2012). Structure-based design of eugenol analogs as potential estrogen receptor antagonists. Bioinformation, 8(19), 901–906. https://doi.org/10.6026/97320630008901
Huang, N., Shoichet, B. K., Irwin, J. J., & Francisco, S. (2006). Benchmarking Sets for Molecular Docking, 6789–6801.
http://molmod.org/2010/02/07/pemilihan-sistem-operasi-dan-aplikasi-pemodelan-molekul/ diakses pada tanggal 21 September 2015 pukul 20.21 WIB.
http://releases.ubuntu.com/lucid/ diakses pada tanggal 21 September 2015 pukul 20.35 WIB.
http://www.bkchem.zirael.org/ diakses pada tanggal 21 September 2015 pukul 20.47 WIB.
http://www.openbabel.org , diakses pada tanggal 21 September 2015 pukul 20.35 WIB.
http://www.pymol.org, diakses pada tanggal 21 September 2015 pukul 20.35 WIB.
http://www.rcsb.org/pdb/files/3ERT.pdb.gz)
http://www.tcd.uni-konstanz.de/research/spores.php diakses pada tanggal 21 September 2015 pukul 20.35 WIB.
http://www.tcd.uni-konstanz.de/index.php diakses pada tanggal 21 September 2015 pukul 20.35 WIB.
John, Buckingham. (2010). Dictionary of Natural Products on DVD, Taylor & Francis Ltd , ver 19:1
Korb O, St T, Exner TE. PLANTS : Application of Ant Colony Optimization to Structure-Based Drug Design. 2006;247-58.
Pranowo H.D. (2009). Peran kimia komputasi dalam desain molekul obat. Yogyakarta; 2009.
Purnomo H. (2011). Kimia Komputasi: Molecular docking PLANTS (Protein Ligand Ant System). Yogyakarta: Pustaka Pelajar1.
Rachmani, Suhesti, Widiastuti & Aditiyono (2012).The Breast Of Anticancer From Leaf Extract Of Annona Muricata Againts Cell Line In T47d, Int J of App Sci Tech, (2) 1.
